観光、商用、知人・親族訪問等の目的で９０日以内の短期滞在ビザで入国滞在したのちに、他の中長期の在留資格への変更は原則できません。入管法に「短期滞在の在留資格を持って在留する者の申請については、やむを得ない特別の事情に基づくものでなければ許可しないものとする。」（入管法２０条３項但し書き）。何をもって「やむを得ない特別の事情」というのかは、入管の裁量に任されていますので、原則としては、短期滞在からの在留資格の変更はできない。従って、一度、帰国して再度、新たな在留資格を取る必要があります。

では、変更が認められる可能性がある場合とは、どんな事情のときか。認められる可能性がある場合は、短期滞在中の期間に、希望する在留資格認定証明書を取得し、さらに、変更の理由書を添えて、在留資格変更申請書を行った場合です。例えば、正規の手続きを踏むべく、来日前に在留資格認定証明書の交付申請を行ってはいたものの、在留資格認定書の発行を待って、本校をもって本国にビザ申請・取得をしてからでは、スケジュール的に間に合わなくなったいうケースです。これが、果たしてやむを得ない特別の事情にに該当するかは個々の状況や、時流の変化により、入管の対応も変わってきます。そのような場合でも、少なくとも理由書で、なぜ「短期滞在」資格で日本に入国しているのか、なぜ在留資格認定証明書の発行をもって、本国にいったん帰国して、他の中長期の在留資格の取得をしてから再来日することができないのかなど、変更申請の理由をきちんと説明できることが必要です。ただ、2019年夏ごろからは、入管の審査運用が変更になり、短期滞在で来日中に在留資格認定証明書の交付を受けた外国人でも就労ビザへの変更は原則認めないという運用に代わっています。その他の中長期の在留資格への変更の場合は、例えば、日本に短期滞在で入国後に、婚姻が成立した場合、すでに婚姻が成立し相当期間外国で生活した後に、夫婦が日本に入国後に短期滞在からの日本人配偶者等への変更許可した場合、婚姻成立間もない夫婦でも、外国人配偶者が90日の短期滞在を得て変更する場合などは認められるでしょう。

仮に日本滞在中に在留資格認定書が交付されても、短期滞在からの変更が認められるまで報酬を伴う活動はできません。在留カードが発行されるまでは、住居の賃貸契約や銀行口座の開設などの契約ができません。